Arbejdet med den anden generation af Fiat Ducato begyndte allerede i 1987. Giorgetto Giugiaro fra Ital Design var ansvarlig for kropsdesignet. Den nye Ducato skulle være et gennembrud inden for kommerciel køretøjers aerodynamik takket være den optimale (på det tidspunkt) reduktion af luftmodstand. Den strømlinede front af anden generation af Ducato bidrog til resultatet af Cx = 0,35, hvilket var det bedste resultat blandt europæiske varevogne på det tidspunkt. Den gamle stil blev helt forladt efter tidens gang. Den interne køretøjs interne navngivning var betegnelsen Type 230.
Den anden generation af Ducato blev præsenteret for første gang i marts 1994 på Genève-messen. Et år senere vandt den italienske varevogn første plads i den prestigefyldte Van Of The Year-konkurrence. Nogle designløsninger, der har fungeret i den forrige generation, er blevet vedligeholdt. De besluttede at bruge forhjulstræk og placere motor på tværs. Den forreste ophæng er baseret på McPhersons, mens den bageste har en stiv aksel på parabolske fjedre. Fokus var dog på at skabe mange variationer af kroppen med forskellige længder, højder og få slags hjulbaser. I stedet for at udvikle Fiat Tolento blev det simpelthen besluttet at oprette en mindre, mere kompakt version af Ducato II med en længde på 4521-5681 mm og en akselafstand på 2850-3700 mm. Fiat Ducato II var beregnet til at være mere moderne, aerodynamisk og tilpasset behovene hos den bredeste vifte af kunder. De mest almindelige var versioner med 1,9D-dieselmotorer. I begyndelsen var der kun én version af den 109 HP benzinmotor tilgængelig. I september 2000 startede produktionen af Fiat Ducato II i Sete Lagoas, Brasilien.
I 2002 blev Fiat Ducato moderniseret. Ud over karrosseri ansigtsløftning er det indre af køretøjet og udvalget af tilgængelige motorer også ændret. Det var også den første Ducato-version, der var tilgængelig med et 4x4-drev i fabriksversionen. Derudover er udvalget af benzinmotorer blevet udviklet. De var stadig to-liters enheder, men versioner drevet af CNG (97 HP) og LPG (109 HP) blev introduceret. Den interne betegnelse af den fornyede varevogn var Type 244. Ændringerne var så store, at mange mennesker anså den opdaterede version til at være en helt ny generation af Fiat's varevogn. De vigtigste elementer i køretøjet, såsom køredrevet, kom fra Type 230. Men disse ændringer betragtes kun som ansigtsløftning. Alle dieselenheder, der drev Ducato II, var udstyret med Common Rail-injektion. Dette har indflydelse på niveauet for forbrændingsreduktion og stigende effekt af motoren. Den stærkeste enhed genererede 146 HK. Den 15. december 2005 annoncerede virksomheden, at den 3 millioner Fiat Ducato blev produceret. Dette resultat bidrog til stigningen i produktionen til 9 køretøjer pr. Dag. Det er værd at nævne, at den post-facelift-version af Ducato II havde så stor popularitet i Brasilien, at den blev produceret indtil 2018. Dette var muligt, fordi der ikke var nogen emissionsbegrænsninger i Sydamerika.
